· Secretaria Administrativa
Tem por objetivo organizar, coordenar, orientar e fiscalizar as atividades administrativas junto ao Decanato de Pesquisa e Pós-Graduação.

· Núcleo de Apoio a Administração da Pesquisa – NAAP
Tem como objetivo principal apoiar a comunidade acadêmica nas diversas etapas do desenvolvimento de projetos de pesquisa.

· Divisão Acadêmica
Tem por objetivo apoiar os cursos de Pós-graduação (lato e stricto sensu) nas diversas atividades acadêmico-administrativas.

· Programa de Capacitação Docente e Técnico-administrativa – PICDT
Tem como objetivo promover a melhoria das atividades de ensino, pesquisa e extensão, apoiando os esforços de departamentos e setores na capacitação e aprimoramento de seus recursos humanos, na busca do atendimento das prioridades institucionais.

· Editora da Universidade Rural – EDUR
Têm por missão estimular a publicação de livros, a reedição de títulos já publicados, a transformação de apostilas em livros e a identificação de tópicos de interesse para publicação de livro dentro de coleções, além da publicação de revistas científicas.

· Jardim Botânico da UFRRJ
Tem por missão contribuir para a conservação da flora, com ênfase nas espécies e biomas da Mata Atlântica ameaçados de extinção, através de ações de educação, pesquisa e lazer que sensibilizem as pessoas para o respeito à vida e a conservação da biodiversidade.