A Universidade Rural foi criada pelo Centro Nacional de Ensino e Pesquisas Agronômicas-CNEPA através do Decreto-Lei 6.155 de 30 de dezembro de 1943. Nessa época, existiam as Escolas Nacional de Agronomia e Nacional de Veterinária, Cursos de Aperfeiçoamento e Especialização, Cursos de Extensão, Serviço Escolar e Seviço de Desportos.
Esta estrutura foi alterada pelo Decreto 16.787/44 e pela aprovação do novo Regimento do CNEPA, que decidiu fundir o Curso de Extensão ao de Aperfeiçoamento recebendo a denominação de Curso de Aperfeiçoamento, Especialização e Extensão, estabelecer que a Universidade Rural será dirigida por um Reitor e criar o Conselho Universitário, órgão máximo de decisão interna.

Quatro anos depois, a Universidade Rural é transferida da Praia Vermelha para a o Km 47 da antiga Rodovia Rio-São Paulo e passadas duas décadas, a Lei 4.759 de 1965 denominou a então Universidade Rural, de Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, e as Escolas Nacional de Agronomia e Nacional de Veterinária de Escolas de Agronomia e de Veterinária. No ano seguinte, foi criado o Curso de Engenharia Química e a Escola de Pós-Graduação da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, que contava com vários Cursos dentre os quais o de Patologia Veterinária com a primeira turma em 1967.

A Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro que pertencia ao Ministério da Agricultura, a partir de1968 passou a ser vinculada ao Ministério da Educação e Cultura através do Decreto 60.731/67 e no ano seguinte, por uma reestruturação administrativa consubstanciada pelo Decreto 63.492/68, transformou-se em autarquia substituindo suas Escolas pelos nomes dos respectivos Cursos de Graduação.

Na década de 70 com a reforma Universitária que se implantou no País, a Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro aprovou seu Estatuto e seu Regimento Geral através do Decreto 66.355 de 20/03/1970, e em 1973 foi implantado o sistema de créditos para os Cursos de Graduação. A nova estrutura universitária passou a ser composta pelo Reitor, seis Decanatos e seus órgãos suplementares, nove unidades universitárias compreendendo os Institutos, formados por um número mínimo de três Departamentos.

A partir dessa data, as atividades de Pós-Graduação passaram a ser coordenadas pelo Decanato de Pesquisa e Pós-Graduação.

Dois anos depois (1975), o Profº Jadyr Vogel com o auxílio de professores da casa e de outras Instituições de Ensino e de Pesquisa reorganizou o Curso de Patologia Animal e em 1977 foi implantado o segundo Curso de Pós-Graduação do Instituto de Veterinária, denominado Patologia Clínica.

No período de 1982 a 1987, o Profº Francisco Benedito Rangel Filho foi Coordenador dos Cursos de Patologia Animal e Patologia Clínica, e nesse mesmo ano, já na gestão do Profº Gilberto Garcia Botelho por recomendação da CAPES os dois Cursos foram fundidos criando-se o Curso de Pós-Graduação em Patologia Veterinária com cinco Áreas de Concentração, respectivamente, Patologia Animal, Patologia Clínica, Medicina Veterinária Preventiva, Clínica Médica Veterinária e Fisiopatologia da Reprodução e Inseminação Artificial. Essa fusão juntamente com outras importantes providências que se fizeram necessárias na estrutura Administrativa do Curso permitiram em dezembro de 1991, o seu credenciamento pelo Conselho Federal de Educação.

De 1992 a 1996, o Curso esteve sob a Coordenação do Profº Adivaldo Henrique da Fonseca, e nesse período, fundamentada em uma proposta para sua recuperação aprovada pelos Conselhos Superiores de nossa Instituição e pela CAPES, passou a ser denominado Curso de Pós-Graduação em Medicina Veterinária com três Áreas de Concentração, respectivamente, Medicina Veterinária Preventiva, Clínica Médica Veterinária e Patologia Animal e da Reprodução.

De 1996 a março de 2001 a Profº Maria da Conceição Estellita Vianni coordenou o CPGMV.

Em março de 2001 o curso passou à responsabilidade temporária da Profº Marta Fernanda Albuquerque da Silva, então Chefe do Departamento de Medicina e Cirurgia veterinária da UFRRJ assumindo definitivamente a Coordenação em julho de 2001. Foi eleito também sub-coordenador o Profº João Telhado Pereira. Em janeiro de 2002 a área de Patologia Animal e da Reprodução passou a ser denominada de Patologia Animal por decisão do colegiado do curso. Ainda no processo de reestruturação, o Colegiado decidiu, em fevereiro de 2003, concentrar as atividades do curso na Área de Clínica Médica e Cirurgia.