As razões que levaram a Universidade a não partir diretamente para a criação do curso de Engenharia Agrícola foram várias e, dentre elas, talvez a que mais tenha pesado, foi sua tradição no curso de Engenharia Agronômica.

A modalidade de Engenharia Agrícola se propunha a formar um Engenheiro Agrônomo mais capacitado para lidar com as questões do campo, porém, com forte conhecimento para buscar soluções relacionadas à adequação da infra-estrutura de produção, não deixando de lado sua formação Agronômica.

No início da década de oitenta, as discussões voltadas à reformulação dos currículos dos cursos das Ciências Agrárias, culminando com definição por parte do Conselho Federal de Educação dos currículos mínimos para estes cursos, direcionou a discussão do currículo de Agronomia para a formação de um profissional dito eclético, derrubando a visão de modalidades adotada na Universidade Rural.

As discussões internas foram difíceis, uma vez que, unir praticamente três profissionais em um único, é uma tarefa quase impossível. Na briga de poderes, o Engenheiro Agrônomo da Rural foi caracterizado como um profissional eclético, porém Fitotecnista.

As argumentações apresentadas pelo Departamento de Engenharia para defender uma formação mais sólida em Engenharia não foram aceitas, vencendo as idéias do grupo majoritário.

A saída natural para o Departamento de Engenharia, dado o seu potencial acumulado, resultante de um esforço de qualificação de seu quadro docente, seria partir para a criação do curso de Engenharia Agrícola. Esta proposta foi encaminhada pelo Departamento, de modo informal, não encontrando receptividade dentro da instituição.

Em seu Plano Departamental apresentado em 1992, o departamento apontou para a necessidade de aprofundar as discussões para a criação do curso, caso considerasse viável ou, partir para usar todo o seu potencial de formação em Engenharia Agrícola para a pós-graduação que estava se iniciando. Por diversas razões este estudo não foi feito, e a pós-graduação foi interrompida.

No seu Plano Departamental apresentado em 1994, o departamento direcionou seus objetivos para o fortalecimento do curso de Agronomia, no tocante à sua formação em Engenharia. As propostas apresentadas para o Colegiado do curso de Agronomia, em função das discussões ocorridas ao longo de 1997 visando adequar o currículo atual, não foram aceitas, tendo sido deixadas para as discussões que ocorreriam ao longo de 1998, o que não ocorreu.

A expectativa é de dificuldades em aumentar a participação de Engenharia na Agronomia, uma vez que a visão do profissional Fitotecnista ainda prevalece na Universidade Rural, comprometendo potencialmente o seu registro profissional, inclusive.

Em vários momentos tem sido levantada a hipótese do Departamento de Engenharia passar a integrar o Instituto de Agronomia, fortalecendo aquele Instituto na formação do Engenheiro Agrônomo. A grande dificuldade nestas discussões, sempre esteve relacionada ao caráter meramente político desta atitude.

Em 1994 a chefia do Departamento foi procurada pela Direção do Instituto de Agronomia para discutir este assunto. Em reunião da chefia, da direção e alguns professores, o Departamento deixou claro a necessidade de que esta atitude estivesse vinculada ao aumento da formação em Engenharia e da atuação mais forte na pós-graduação. A participação na pós-graduação em Fitotecnia foi aceita, culminando com algumas reuniões, não levando a efeitos práticos devido ao falecimento prematuro do professor Osamu Kimura, então coordenador do curso. No tocante à graduação nada se discutiu à medida que se trata de um verdadeiro tabu.

Com os avanços tecnológicos nas áreas de Engenharia Agrícola, os professores sentiram necessidade de se aperfeiçoarem em cursos de mestrado e doutorado, o que veio fortalecer as áreas de Recursos Hídricos, Mecanização Agrícola, Armazenamento de Grãos e Energização Rural, Informática, e Cartografia do Departamento. Com professores especializados e a extinção da modalidade de Engenharia Rural do curso de Agronomia, o departamento vislumbrou num momento em que a agricultura brasileira face aos avanços nas áreas de Engenharia Agrícola, apresenta papel importante na geração de divisas para o país, a criação do curso de Engenharia Agrícola na UFRRJ, cuja aprovação ocorreu no Conselho Universitário em 17 de agosto de 1999 (deliberação n?16).