O Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão de Área (CEPEA) é o órgão superior, instituído na UFRRJ em 2012 com a reforma de seu Regimento Geral, que estabelece a política acadêmica por área, deliberando sobre todos os assuntos relativos a atividades de ensino, pesquisa e extensão da área de conhecimento, nos limites das normas estabelecidas pelo CEPE. Suas reuniões são mensais (sessões ordinárias) e, sempre que necessário, são convocadas reuniões extraordinárias. Atualmente, há na Universidade cinco CEPEAs, assim designados:
Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão da Área de Ciências Agrárias (CEPEA-CA)
Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão da Área de Ciências Biológicas e da Saúde (CEPEA-CBS)
Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão da Área de Ciências Exatas, da Terra e Engenharias (CEPEA-CETE)
Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão da Área de Ciências Humanas, Letras e Artes (CEPEA-CHLA)
Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão da Área de Ciências Sociais Aplicadas (CEPEA-CSA)